Yükseköğretim üst kuruluşları başkan ve üyeleri ile yükseköğretim kurumları yöneticilerinin, kadrolu ve sözleşmeli öğretim elemanlarının ve bu kuruluş ve kurumların 657 sayılı Devlet Memurları Kanununa tabi memurlarının görevleri dolayısıyla ya da görevlerini yaptıkları sırada işledikleri ileri sürülen suçlar hakkında yetkili makamlarca inceleme başlatılabilir, inceleme sonucunda soruşturma açılmasına karar verilmesi ya da doğrudan soruşturma başlatılması hâlinde aşağıdaki hükümler uygulanır:

• İlk soruşturma: Yükseköğretim Kurulu Başkanı için, kendisinin katılmadığı, Milli Eğitim Bakanının başkanlığındaki bir toplantıda, Yükseköğretim Kurulu üyelerinden teşkil edilecek en az üç kişilik bir kurulca, diğerleri için, Yükseköğretim Kurulu Başkanınca veya diğer disiplin amirlerince doğrudan veya görevlendirecekleri uygun sayıda soruşturmacı tarafından yapılır. Öğretim elemanlarından soruşturmacı tayin edilmesi halinde, bunların, hakkında soruşturma yapılacak öğretim elemanının akademik unvanına veya daha üst akademik unvana sahip olmaları şarttır.
• Son soruşturmanın açılıp açılmamasına;

1. a) Yükseköğretim Kurulu Başkan ve üyeleri ile Yükseköğretim Denetleme Kurulu Başkan ve üyeleri hakkında Danıştayın 2 nci Dairesi,
2. b) Devlet ve vakıf yükseköğretim kurumu rektörleri, rektör yardımcıları ile üst kuruluş genel sekreterleri hakkında, Yükseköğretim Kurulu üyelerinden teşkil edilecek üç kişilik kurul,
3. c) Üniversite, fakülte, enstitü ve yüksekokul yönetim kurulu üyeleri, fakülte dekanları ve dekan yardımcıları, enstitü ve yüksekokul müdürleri ve yardımcıları ile üniversite genel sekreterleri hakkında, rektörün başkanlığında rektörce görevlendirilen rektör yardımcılarından oluşacak üç kişilik kurul,
4. d) Öğretim elemanları, fakülte, enstitü ve yüksekokul sekreterleri hakkında üniversite yönetim kurulu üyeleri arasından oluşturulacak üç kişilik kurul,
5. e) 657 sayılı Devlet Memurları Kanununa tabi memurlar hakkında, mahal itibariyle yetkili il idare kurulu, Karar verir.
6. f) Yükseköğretim Kurulu ile üniversite yönetim kurullarınca oluşturulacak kurullarda görevlendirilecek asıl ve yedek üyeler bir yıl için seçilirler. Süresi sona erenlerin tekrar seçilmeleri mümkündür.

• Son soruşturmanın açılıp açılmamasına karar verecek kurullar üye tamsayısı ile toplanır. Kurullara ilk soruşturmayı yapmış olan üyeler ile haklarında karar verilecek üyeler katılamazlar. Noksanlar yedek üyelerle tamamlanır. Diğer hususlarda bu Kanunun 61 inci maddesi hükümleri uygulanır.
• Yükseköğretim Kurulu ve Yükseköğretim Denetleme Kurulu Başkan ve üyeleri hakkında Danıştayın 2 nci Dairesinde verilen lüzum-u muhakeme kararına itiraz ile men-i muhakeme kararlarının kendiliğinden incelenmesi Danıştayın İdari İşler Kuruluna aittir. Diğer kurullarca verilen lüzum-u muhakeme kararına ilgililerce yapılacak itiraz ile men-i muhakeme kararları kendiliğinden Danıştay 2 nci Dairesince incelenerek karara bağlanır. Lüzum-u muhakemesi kesinleşen Yükseköğretim Kurulu ve Yükseköğretim Denetleme Kurulu Başkan ve üyelerinin yargılanması Yargıtay ilgili ceza dairesine, temyiz incelemesi Ceza Genel Kuruluna, diğer görevlilerin yargılanmaları suçun işlendiği yer adliye mahkemelerine aittir.
• Değişik statüdeki kişilerin birlikte suç işlemeleri halinde soruşturma usulü ve yetkili yargılama mercii görev itibariyle üst dereceliye göre tayin olunur.
• Yükseköğretim Kurulu Başkanı ve rektörler hakkında 19/4/1990 tarihli ve 3628 sayılı Mal Bildiriminde Bulunulması, Rüşvet ve Yolsuzluklarla Mücadele Kanunu kapsamına giren suçlarından dolayı yapılacak ceza soruşturmasında yukarıda belirtilen ceza kovuşturması usulü tatbik edilir.

3628 sayılı Kanun kapsamına giren suçlarından dolayı kanuni kovuşturma için gereken izin, Yükseköğretim Kurulu üyeleri ile Yükseköğretim Denetleme Kurulu Başkan ve üyeleri ve bu kuruluşların memurları (Üniversitelerarası Kurul memurları dahil) hakkında Yükseköğretim Kurulu Başkanından, üniversite yöneticileri ve öğretim elemanları ile memurlar hakkında üniversite rektörlerinden alınır.

• İdeolojik amaçlarla Anayasada yer alan temel hak ve hürriyetleri, devletin ülkesi ve milletiyle bölünmez bütünlüğünü veya dil, ırk, sınıf, din ve mezhep ayrılığına dayanılarak nitelikleri Anayasada belirtilen Cumhuriyeti ortadan kaldırmak maksadıyla işlenen suçlarla bunlara irtibatlı suçlar, öğrenme ve öğretme hürriyetini doğrudan veya dolaylı olarak kısıtlayan, kurumların sükün, huzur ve çalışma düzenini bozan boykot, işgal, engelleme, bunları teşvik ve tahrik, anarşik ve ideolojik olaylara ilişkin suçlar ile ağır cezayı gerektiren suçüstü hallerinde, yukarıda yazılı usuller uygulanmaz; bu hallerde kovuşturmayı Cumhuriyet Savcısı doğrudan yapar.
• Bu Kanunda yer almamış hususlarda 2/12/1999 tarihli ve 4483 sayılı Memurlar ve Diğer Kamu Görevlilerinin Yargılanması Hakkında Kanun hükümleri uygulanır.